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這11家單位及問題是：遼寧省丹東農業科學院違規開展轉基因玉米試驗、西北農林科技大學開展轉基因玉米中間試驗未向農業部報告、湖南雜交水稻研究中心開展轉基因水稻中間試驗未向農業部報告、中國科學院亞熱帶農業生態研究所開展轉基因水稻中間試驗未向農業部報告、廣西農業科學院開展轉基因水稻中間試驗未向農業部報告、廣西大學開展轉基因甘蔗中間試驗未向農業部報告、江西省農業科學院開展轉基因水稻中間試驗未向農業部報告、江西農業大學開展轉基因水稻中間試驗未向農業部報告、吉林省魏巍農業科學研究院違規種植少量轉基因玉米試驗材料未向農業部報告、中國農業科學院植物保護研究所擅自變更轉基因水稻中間試驗地點未向農業部報告、福建省農業科學院開展轉基因水稻中間試驗未向農業部報告。

根據2011年國務院修訂的《農業轉基因生物安全管理條例》，農業轉基因生物在實驗室研究結束后，需要轉入中間試驗的，試驗單位應當向國務院農業行政主管部門報告。

這份通報稱，盡管上述試驗是在具備安全控制措施和控制條件的試驗基地內進行，但未按照法規要求向農業部報告。按照有關規定，農業部已責令相關省份的農業行政主管部門深入核查，依法終止試驗，銷毀材料，違規單位已經全面開展自查，嚴格整改。

2016年，農業部派出10個督導組赴除西藏外全國30個省區市和新疆生產建設兵團，對農業轉基因研究試驗環節監管情況開展專項督導，基本實現了主要農業科研育種單位和作物田間試驗基地的全覆蓋。督導結果表明，絕大多數科研單位都高度重視農業轉基因生物安全管理，嚴格按照法規要求規范開展研究試驗。